Nel 1996, durante i lavori di restauro della Chiesa di San Bartolomeo di Bojano, in corrispondenza del presbiterio, è stata scoperta la cripta della Cattedrale. Ad essa si accede mediante sette scalini posti a destra della balaustra e in prossimità del Fonte Battesimale risalente al XIII secolo. Dell'originario impianto rimane parte dell'abside della chiesa del 1073 su cui poggia una successiva abside. La presenza di una sorgente di acqua, che sgorga dall'abside più antica, dona alla cripta una forte valenza spirituale creando un suggestivo percorso di purificazione, che dalla fonte conduce alla sorgente.

La leggenda narra che, alla fine del secolo XI, due pellegrini francesi diretti a Gerusalemme, dopo aver trafugato alcune ossa di Santa Cristina a Bolsena, giunsero a Sepino. Quando provarono a ripartire eventi "naturali" impedirono loro di riprendere il viaggio. Interpretando tali avvertimenti come volontà del Signore, decisero di lasciare parte delle reliquie a Sepino dove Santa Cristina divenne la patrona. La devozione è rimasta viva nei secoli e la cripta custodisce i segni e l'adorazione che i Sepinesi hanno manifestato nel tempo. L'ambiente è un lungo corridoio coperto da una volta a botte in cui è custodita l'antica statua lignea di Santa Cristina che sorregge con la mano sinistra Sepino, mentre nella destra una una palma ed una freccia, simbolo del proprio martirio. In segno di rispetto, i fedeli si allontanano senza voltare le spalle alla Santa che, secondo la tradizione, è portata in processione ogni cento anni. Nei locali adiacenti, in otto scene, è raccontata la complessa passio della martire, mentre in un'altra stanza sono custoditi gli ex voto per Santa Cristina e oggetti sacri.

Scoperta in maniera fortuita nel 1947, la Cripta dell'Annunziata di Jelsi si trova al di sotto dell'omonima chiesa sconsacrata. Il vano, diviso in due campate da un arco a sesto acuto e sormontato da una volta a botte, custodisce un prezioso ciclo pittorico di affreschi del Trecento in cui sono raffigurate scene della vista di Cristo. La cripta, che in origine era di pertinenza del Castello Angioino, sul quale poi sono stati edificati il Palazzo Carafa e la Chiesa dell'Opera Pia dell'Annunziata, durante il Trecento era di uso privato dei signori locali. Malgrado la caduta di parti di intonaco, è stato possibile ricostruire il ciclo pittorico ed identificare i personaggi rappresentati. La parete di fondo è dedicata alla teoria dei Santi, mentre sulle altre pareti e sulle volte è raffigurata l'iconografia della vita di Gesù di cui è narrata l'infanzia (Annunciazione, Fuga dall'Egitto, Gesù fra i dottori), l'opera di evangelizzazione (Battesimo di Cristo, la Guarigione dell'indemoniata) le passione e la resurrezione.

Parte integrante della Chiesa di San Giacomo a Pietracatella è la Cripta di Santa Margherita d'Antiochia. Di presunta pertinenza monastica (XI-XII secolo), la cripta è stata edificata inglobando parte della roccia e si compone di un ambiente rettangolare coperto da volta a botte con abside ricavato nella rupe. Le residue tracce della decorazione originaria, oggi conservate nella chiesa sovrastante, dovevano coprire l'intera cappella. L'abbandono del luogo e la successiva destinazione ad uso cimiteriale hanno compromesso lo stato di conservazione degli affreschi; tuttavia è stato possibili identificare un ciclo iconografico con episodi tratti dalla vita di Cristo: l'Annunciazione, l'Adorazione dei Magi e la Presentazione al Tempio; il brano con le Negazioni di Pietro e la Pentecoste. La ricerca spaziale, i caratteri stilistici e la decorazione delle cornici, che identificano le scene e le figure, ascrivono gli affreschi al XIV secolo.

La Chiesa di San Giorgio Martire è stata edificata sopra un precedente edificio. Oggi la Cripta di San Giorgio, del quale conserva l'orientamento. L'ambiente a pianta rettangolare è diviso in due navate coperte da volte a crociera sorrette da pilastri, robuste colonne e lesene sulle quali poggiano capitelli semplici. Alla cripta si accede da un nuovo ingresso che si apre sulla piazza mentre l'originario accesso è stato murato con le monofore; accanto è l'attuale sacrestia, un'aula coperta da volta a crociera e collegata al vano più basso mediante una scala, oggi interrotta. L'ambiente, in origine scavato contro terra, ricorda la particolare tipologia di cripte - chiese diffuse nella Puglia settentrionale tra IX e XIII Secolo.

Nella Chiesa di Santa Maria dell'Assunta si trova la cripta di Guardialfiera, un'aula a pianta rettangolare, in origine chiusa da tre absidi delle quali rimangono quella centrale e quella di destra, visibili solo all'interno poiché esternamente uno spesso muro dal profilo rettilineo ha inglobato le absidi e reso cieche le monofore. Lo spazio interno é diviso da una fila di quattro colonne, senza basi, ma con capitelli cubici dal diverso sviluppo, e da due colonne isolate all'interno dell'abside maggiore che, unite alle semicolonne laterali, sorreggono le volte a crociera. In una delle nicchie laterali rimangono le tracce di un affresco che raffigura una donna dai capelli intrecciati sotto una corona, vestita con abito dall'ampia scollatura e con un mantello rosso. Le mani si giungono in vita e sorreggono un calice sul quale poggiano degli occhi, ciò che ha fatto pensare all'immagine di Santa Lucia senza l'aureola. Ogni anno a Natale, in occasione del Presepe Vivente, la cripta torna ad essere centro di diffusione della cristianità, accogliendo la scena della Natività.

Nella Chiesa di Santa Maria Maggiore di Guglionesi si trova la cripta di Sant'Adamo, un ambiente seminterrato e triabsidato. Difficile poter identificare la pianta originaria poiché per la realizzazione di un altro ambiente è stata modificata la prima struttura. Le cinque navate sono delimitate da una fila di quattro colonne dai fusti bassi e robusti e con capitelli di varia lavorazione che, insieme ai semipilastri laterali, sorreggono la volta a crociera e gli archi a tutto sesto. Affreschi del Cinquecento decorano le pareti e le volte, raffigurando alcune scene dell'Antico Testamento: la Creazione di Eva, il Peccato Originale, la Cacciata dal Paradiso, Caino e Abele, la Torre di Babele, l'Ebbrezza di Noè, Noè e l'Arca, il Diluvio Universale.  La poca luce che entra dalle strette monofore facilita il raccoglimento e la meditazione davanti alla nicchia in legno dorato in cui è custodita la statua argentea del Santo Protettore. Le due ante, chiamate Porte di Sant'Adamo, raffigurano l'estasi del santo confessore e l'antica Guglionesi.
Il fortuito rinvenimento della Cripta di San Nicola, nell'omonima chiesa, si deve all'opera di ristrutturazione del sovrastante edificio religioso, L'ambiente è a pianta rettangolare, realizzato in pietra ma le poche tracce di intonaco rimaste riconducono al rivestimento preesistente. Modificata nella sua struttura originaria, la cripta doveva essere coperta da una volta a crociera, sorretta da colonne e da semicolonne, disposte lungo le pareti. Posta al di sotto del presbiterio, lo sviluppo delle absidi segue quello della chiesa sovrastante e due monofore la illuminano.

La Chiesa di Santa Maria a Mare di Campomarino, del cui originario impianto romanico rimangono le tre absidi, al suo interno custodisce la suggestiva Cripta del XII Secolo. Posta sotto il presbiterio, la cripta a pianta rettangolare termina con tre absidi coincidenti con quelle dell'edificio superiore. Lo spazio è arricchito da semipilastri e colonnine coronate da capitelli a motivi fitomorfi e rimangono tracce della decorazione pittorica realizzata nel XVI secolo. A sinistra gli affreschi raffigurano San Nicola, il cui nome è inciso accanto alla testa, con abito episcopale, e San Giorgio con cavallo e lancia. Sulla parete di ingresso un uomo con armatura giace a terra schiacciato da un cavallo. La barba, i baffi ed il suo abbigliamento con il tipico turbante fanno pensare ad un turco sconfitto durante l'assedio dell'Adriatico.

La Cattedrale di Termoli, secondo la tradizione, sorge sui resti del tempio pagano dedicato a Castore e Polluce. Negli anni Trenta, durante i lavori di ristrutturazione della Chiesa, sono emersi pavimenti musivi, resti scultorei e architettonici appartenenti all'edificio religioso preesistente cioè la Chiesa di Santa Maria della Purificazione edificata nel secolo XI. Per tutelare i ritrovamenti, si è provveduto a sopraelevare il presbiterio della Cattedrale, creando l'ambiente sotterraneo definito dunque "chiesa inferiore" alla quale si accede dalle navate laterali. La cripta conserva l'articolazione a tre absidi della sovrastante chiesa e la corrispondenza all'area del presbiterio le reca maggiore sacralità. In essa, infatti, sono state rinvenute le spoglie del Santo protettore della città, San Basso, e le reliquie di San Timoteo, come ricorda l'iscrizione sulla lastra marmorea recante la sepoltura del discepolo di San Paolo, che dal 1238 riposa a Termoli.

Dell'impostazione romanica della Chiesa di Santa Maria di Petacciato, più conosciuta come San Rocco, rimangono le absidi, parte dell'arredo architettonico delle mura perimetrali e del campanile, e la cripta risalente alla costruzione del XII secolo. L'ambiente, il cui spazio si compone di tre navate chiuse da tre absidi, si colloca in corrispondenza della sovrastante chiesa, come visibile esternamente dal prolungamento dei muri. Lo sviluppo interno segue il senso longitudinale e risulta dinamico e asimmetrico: un semipilastro divide in due lo spazio dell'abside maggiore, mentre una fila di tre basse colonne, sormontate da capitelli scolpiti a grossi triangoli, occupa lo spazio centrale. Le colonne poste in corrispondenza dei pilastri situati lungo le pareti perimetrali, sorreggono le volte a vela realizzate in mattoncini.

Riconsegnata alla devozione dei fedeli nel 1931, la Cripta di San Casto è uno dei primi luoghi di fede cristiana del Molise. Nonostante la sua obliterazione, negli scritti ecclesiastici si ricorda che "il duomo di Trivento è formato da due chiese, l'una inferiore ed una superiore. Quella chiusa è sotto il nome di San Casto, le cui ossa e fama quivi riposano". Il primo oratorio guidato dal vescovo Casto è stato costruito al posto del Tempio di Diana della cui esistenza ne è memoria l'iscrizione incisa su un cippo funerario reimpiegato nella cripta, divenuta tale probabilmente nel XI secolo quando fu edificata la sovrastante Cattedrale dei S.S. Nazario, Celso e Vittore. Sedici colonne, alcune monolitiche altre a sezione circolare sono disposte su tre file secondo uno sviluppo longitudinale e suddividono l'aula triabsidata in sette navate. Colonne e lesene laterali sostengono archi a tutto sesto e volte a crociera. Della decorazione pittorica rimangono un Santo diacono e un Cristo Patient con accanto la Vergine e San Giovanni, alla cui destra è un abate. Nell'abside centrale troviamo una lunetta in arenaria del XIII secolo, su cui è scolpita la Trinità con due angeli e due delfini. Le tre sculture lignee policrome del XIII secolo, la Madonna in trono, Sant'Anna e Santa Caterina di Alessandria ritrovate nella cripta oggi sono conservate nel Museo Diocesano di Arte Sacra. La inusuale divisione in sette navate, dal forte simbolismo cristiano, ed il ricco ed eterogeneo apparato decorativo, messo in opera secondo le logiche costruttive medievali, rendono la cripta un luogo affascinante e suggestivo.

La Chiesa di Santa Maria dell'Acquabona di san Biase, costruita nel XIII secolo, internamente si compone di due navate diseguali, dedotte a seguito delle numerose trasformazioni edilizie avvenute nel tempo. In corrispondenza della navata destra, dove oggi è custodito il corpo di Santa Pia, è la cripta. L'ambiente, riscoperto e consegnato alla preghiera solo negli ultimi venti anni, è una stretta e lunga aula coperta da una volta a botte sulle cui pareti non rimangono tracce di decorazione pittorica, bensì è visibile la pietra locale che caratterizza l'opera muraria. La cripta di San Biase, nonostante la sua semplicità, rappresenta un luogo dal forte valore spirituale, trovandosi sotto la navata dedicata alla Santa, a testimoniando la grande devozione che i fedele rivolgono alla martire.

Interamente scavata nella roccia, la suggestiva Cripta Rupestre di Pietracupa custodisce i segni che l'uomo ha lasciato nel tempo. Delimitata a sud da un muro nel quale doveva essere l'originario ingresso, la cripta è un grande vano circolare con soffitto piano sulle cui pareti rocciose si aprono nicchie rettangolari, fori per l'appoggio delle travi, mentre al centro rimane parte di un pilastro che all'inizio doveva dividere lo spazio in due ambienti. Chiamata anche Chiesa Vecchia, dopo la costruzione nel XVII secolo della sovrastante Chiesa di Sant'Antonio Abate, anch'essa quasi completamente scavata nella roccia, la cripta è tornata ad avere il suo ruolo religioso solo dagli anni '70. La tradizione locale vuole che la grotta, dal momento in cui fu costruita nel XIII secolo, abbia svolto la funzione di eremo, ricovero contadino, prigione, tribunale ai tempi dell'inquisizione e luogo di esecuzione di condanne. Oggi, i segni sulla roccia narrano la lunga vita del luogo così come una antica macina di mulino assolve alla nuova funzione di altare.