Europe Direct Molise collabora da diversi anni con l'Ufficio Scolastico regionale per il Molise e con le scuole di ogni ordine e grado proponendo una serie di progetti aventi valenza nazionale ed europea. Tutti i progetti  e le iniziative dedicate alle scuole hanno come obiettivo quello di favorire una maggiore conoscenza dell' Unione europea e del lavoro svolto dalle sue Istituzioni e sono volti ad incrementare l'esercizio della cittadinanza attiva e consapevole.
Europe Direct Molise supporta le scuole nella realizzazione dei progetti e svolge un'azione di coordinamento a livello regionale. 
E' stata redatta una brochure che contiene le progettualità proposte  eche viene aggiornata ogni anno. La brochure è stata inviata alle scuole del territorio. 
Questo è l'elenco dei progetti che proponiamo ogni anno agli Istituti scolastici, che variano in base al grado:

Per le scuole primarie e secondarie di primo grado:
Progetto Europe Direct a scuola
Progetto sullo scambio di decorazioni natalizie 
Progetto Tury-story

Per gli Istituti scolastici di II grado:
Progetto nazionale di didattica innovativa e di monitoraggio civico A Scuola di Opencoesione
Progetto Ambassadors School
Processo all'Europa